Le chef d'établissement dirige l'établissement et préside le conseil d'administration. Il est à la fois exécutif de l'établissement et représentant de l'État : il a autorité sur tous les personnels mis à sa disposition. Il exécute le budget et rend compte de sa gestion devant le conseil d'administration. Il a la capacité de prendre la responsabilité de mesures graves (fermeture de l'établissement, suspension des enseignements) si nécessaire. Le chef d'établissement veille au bon déroulement des enseignements, de l'orientation et du contrôle de connaissances des élèves. Les chefs d'établissement (CEM et lycées) sont recrutés soit par concours (après 5 années d'exercice dans la fonction publique), soit par liste d'aptitude, soit par détachement.
- Le gestionnaire "intendant" seconde le chef d'établissement pour tout ce qui relève de la gestion matérielle et financière (entretien des locaux, sécurité, organisation de l'accueil, de la restauration, de l'hébergement, etc.). Il dirige l'ensemble des personnels administratifs, ouvriers et de services.
Il peut effectuer les fonctions d'agent comptable.
- L'agent comptable est chargé de la comptabilité générale de l'établissement. Il a la charge de l'encaissement des recettes et le paiement des dépenses.