اليكمrapport de stage الخاص بي - منتديات الجلفة لكل الجزائريين و العرب

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افتراضي اليكمrapport de stage الخاص بي

باسم الله الرحمن الرحيم والحمد لله رب العالمين
تم بفضل من الله وعونه ورحمته سبحانه انهاء السنوات الثلاث من دراستي في مجال البيلوجيا ( ليسانس)
وبفضل من الله انجزت عمل صغير لتخرجي على شكل تقرير (rapport) عن فترة تدريبية (stage) قمت بها في المستشفى حول التحاليل الطبية الميكروبيولوجية
وكان بودي ان اضعه بين ايديكم اخواتي / اخواتي في الله لتستعينوا به ودعوة في ظهر الغيب تكفي

A/ page de garde :
https://www.herosh.com/download/11613...garde.doc.html

1/ sommaire :
https://www.herosh.com/download/11608...aire.docx.html

2/ liste des tableaux
https://www.herosh.com/download/11609...eaux.docx.html

3/:liste des abréviations
https://www.herosh.com/download/11610...br_v.docx.html









 


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الظاهر مبغاوش يطلعو بهاذ الموقع راح نطلعلكم بالكتابة


1. Introduction
Depuis longtemps déjà ; l’examen clinique ne se termine pas au cabinet du médecin ou au lit du malade, mais au laboratoire.
La bactériologie médicale est un outil pédagogique destiné à la formation en microbiologie des étudiants des différents programmes des sciences et des techniques de la santé conçue pour répondre aux objectifs de formation fondamentale dans ce domaine. En effet, il comporte, pour chaque bactéries, une étude de la systématique, de l’épidémiologie et de pouvoir pathogène ainsi qu’un aperçu des méthodes de traitement des personnes infectées, notamment de l’antibiothérapie, en plus, évidements, des techniques de prélèvement et d’identification.
Les principaux objectifs des analyses microbiologiques sont d'isoler et d'identifier les micro-organismes pathogènes et de mesurer leur sensibilité aux antibiotiques.
Le diagnostic par la microbiologie médicale comprend en premier, le diagnostic étiologique d’une maladie infectieuse par l’isolement et l’identification des agents infectieux et la démonstration des réponses immunologiques du patient (anticorps, réaction cutanée, nombre de leucocytes).
Notre stage au sein de laboratoire médical de l’hôpital de « Tighennif » nous a permis de voir de près ces analyses microbiologiques, leur déroulement, interprétation des résultats.









2. Objectif de stage :
Le stage a pour but de :
 S’ouvrir sur le monde professionnel
 Appliquer ce qui déjà apprit théoriquement et enrichir un manuscrit scientifique
 Connaitre les différentes analyses bactériologiques effectuées au sein d’un laboratoire d’analyses médicales.
 Détermination des différents techniques et tests appliqués dans le laboratoire et comprendre le principe, les techniques, et les méthodes.
3. Laboratoire d’analyses médicale de l’hôpital de ‘‘ Tighennif ‘‘ (CHALABI ABDELKADER )
Ce laboratoire est doté de quatre rayons des analyses :
• Rayon d’analyses microbiologiques.
• Rayon d’analyses biochimiques.
• Rayon d’analyses hématologiques
• Rayon d’analyses sérologiques











4. Analyses microbiologiques
Un prélèvement de liquide biologique ou de tissu pour une analyse bactériologique afin de détecter directement la bactérie peut répondre à plusieurs objectifs. Le plus fréquent s’agit de mettre en évidence les bactéries responsables d’une infection, d’effectuer une identification précise des pathogènes et de tester leur sensibilité aux antibiotiques habituellement actifs sur ces bactéries. [Denis et al., 2011].
4.1Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
 Indications de l’ ECBU :

Un examen des urines est nécessaire :
• En cas de signes de cystite (infection superficielle de la paroi vésicale induisant brûlures mictionnelles, envie impérieuses et fréquentes, pollakiurie, dysurie…), de pyélonéphrite (infection du bassinet avec envahissement interstitiel du rein entraînant la même symptomatologie que la cystite associée à de la fièvre et des douleurs lombaires) ou de prostatite (fièvre, frisson, douleurs pelviennes, ténesme rectal et troubles fonctionnels urinaires).
• Si la bandelette urinaire est positive, ou en cas de pyurie ou d’hématurie.
Lors de fièvre supérieure à 39°c (notamment chez le nourrisson) (Lavigne ; 2005)
 Définition et composition des urines :
L'urine est un liquide jaune pâle, ambré, limpide à l'émission, d'odeur safrané et légèrement acide. Elle est constituée d'eau, dans laquelle sont dissoutes des substances minérales (sodium, potassium, calcium, magnésium, chlorure, sulfates, phosphates) et organiques (urée, créatinine, acide urique, acides aminés, enzymes, hormones, vitamines), et contient des globules rouges et des globules blancs en faibles quantités (moins de 5 000 par millilitre). On ne trouve normalement dans l'urine ni sucres, ni protéines, ni bactéries. (Houghton, 2005).
La formation de l'urine est assurée par les néphrons, unités fonctionnelles et anatomiques du tissu rénal, au nombre de 1 à 1,2 million par rein. Le glomérule, première partie du néphron, élabore l'urine primitive par filtration du sang ; cette urine est ensuite transformée dans le tubule rénal, deuxième partie du néphron, par des phénomènes de réabsorption (récupération d'une partie de l'eau, du sodium, etc.) et de sécrétion, en une urine définitive, dont la quantité et la composition varient de façon que le milieu intérieur du corps reste constant (Houghton, 2005).
L'urine joue un double rôle : élimination de déchets tels que l'urée, la créatinine et aussi un grand nombre de médicaments et de toxiques, d'une part, et maintien de la constance du milieu intérieur de l'organisme grâce à une régulation des quantités d'eau et de sels minéraux , d'autre part (Houghton, 2005).
 Rappel anatomique:
- L’appareil urinaire s’étend des reins au méat urétral
- Au niveau du rein, des papilles calicielles s’opposent au reflux intra rénal
- Des mouvements péristaltiques urétéraux favorisent l’écoulement d’urine du rein vers la vessie
- Un système anti reflux au niveau de la jonction urétéro-vésicale évite le reflux des urines vers le rein lors de la miction
- La vessie s’évacue par l’urètre.
- Un double sphincter existe au niveau de la jonction urétro-vésicale et assure la continence :
• sphincter lisse : à commande réflexe
•sphincter strié : à commande volontaire



 Physiopathologie des infections urinaires (IU)
• Les infections du tractus urinaire (ITU) regroupent un ensemble hétérogène d’infection de l’un des constituants de l’arbre urinaire ou de ses annexes. Leur point commun est la présence de bactéries dans le tractus urinaire. On admet que la bactériurie est positive quand elle est supérieure ou égale à 105 UFC/mL d’urine mises en culture [Lobel et al., 2007].
• Stricto sensu, l’ITU est limitée à l’arbre urinaire et se distingue en cystite, pyélonéphrite et bactériurie asymptomatique. Cependant, certains y incluent les infections associées de certaines génitales (la prostatite) [Lobelet al., 2007].
• Les germes uropathogénes ont des capacités d’adhérer à l’épithélium urinaire par des adhésines reconnaissant certains récepteurs membranaires de l’urothélium. (Boccon-Gibod et Barthez, 1998)

 Etiologie des infections urinaires (IU) :


IU communautaires IU nosocomiales
Escherichia coli (80%)
Proteus mirabilis
Klebsiella – Enterobacter – Serratia
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus aureus
Enterococcus faecalis
Bactéries rares
Oligella urethralis
Aerococcus urinae
Corynebacterium urealyticum
Lactobacillus spp Escherichia coli (50%)
Pseudomonas aeruginosa
Enterobacteriaceae
Enterococcus faecalis
Staphylococcus aureus
Acinetobacter spp
Levures




• Cystite
Le mode de pénétration des germes dans les urines peut étre :
- par voie ascendante (la plus fréquente) soit spontanée (chez la femme dont l’urètre est court), soit provoquée par la mise en place d’une sonde ou la réalisation d’une cystoscopie ;
- par voie hématogène : plus rare lors bactériémie ou de septicémie surtout chez l’immunodéprimé ou le diabétique ;
- par voie lymphatique à partir d’infection des organes pelviens (maladie inflammatoire de l’intestin, suppuration pelvienne) [Boccon-Gibod et Barthez, 1998].
- La cystite aigue correspond à l’inflammation de la muqueuse vésicale pouvant s’ulcérer et devenir hémorragique
C’est l’infection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signes suivants :
- Dysurie habituellement associée à une pollakiurie
-Un besoin impérieux de miction
-Des brûlures mictionnelles
-Une douleur supra-pubienne .La cystite isolée ne s’associe ni à de la fièvre ni à des douleurs lombaires [Boccon-Gibod et Barthez, 1998].
• Facteurs favorisants :
 Les relations sexuelles entrainent chez la femme, dont l’urètre est court (3- 4 cm), une ouverture de méat urétral et passage des germes du vestibule vaginale vers la vessie.
 La diurèse insuffisante, source de mictions espacées favorisant la stase urinaire et donc la prolifération des germes préexistants.
 Infection gynécologiques.
 L’insuffisance ou l’excès d’hygiène périnéale.
 La grossesse.
 Le diabète.
 L’alitement prolongé. [professeur Laurent Boccon-Gibod Docteur Philippe Barthez 1998].
• Pyélonéphrite aigue :
Le syndrome infectieux signe l’atteinte parenchymateuse. La fièvre peut s’accompagner de frissons évocateurs d’une bactériémie. Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pyélonéphrite aiguë. Ces lombalgies sont en règle générale unilatérales à irradiation descendante vers le pubis et les organes génitaux externes, elles peuvent s’accompagner de signes digestifs tels que nausées et vomissements. A l’examen les fosses lombaires sont souvent empâtées. [Vaubourdolle, 2007].
• Prostatite :
• Prostatite aiguë
Comme pour la pyélonéphrite aigue l’atteinte du parenchyme prostatique s’accompagne de fièvre et de frissons. La prostate est très douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signes cliniques :
- Pollakiurie
- Rétention aiguë d’urines
-Parfois tableau de septicemia [Boccon-Gibod et Barthez, 1998].
La prostatite chronique :
Elle est souvent pauci symptomatique, on peuttrouver :
- Une douleur périnéale
-Une dysurie
- Des brûlures mictionnelles
- Des douleurs pelviennes
- Des douleurs scrotales
- Une éjaculation douloureuse
- Une hémospermie Elle est souvent à l’origine d’infection urinaire ou bactérienne asymptomatique récidivante chez l’homme. [Professeur Laurent Boccon-Gibod Docteur Philippe Barthez 1998].
Tableau02 : Espèces bactériennes habituellement retrouvées dans les infections urinaires [Mouton et al., 2000].
Type d’infection Espèces bactériennes habituelles
Cystite simple Escherichia coli (80%)
Proteus mirabilis
Autres bacilles à Gram négatif
Entercoccus
Staphylococcus aureus
Staphylocoques à coagulase négative
Cystite récidivante Proteus mirabilis (lithiase)
Autres bacilles à Gram négatif
Infection urinaire compliquée communautaire (pyélonéphrite…) E. coli
Autres bacilles à Gram négatif
Infection urinaire compliquée nosocomiale (après investigation, chirurgie urologique, cathétérisme vésical prolongé…) Klebsiella
Enterobacter
Serratia
Proteus indolepositif
Providencia
Pseudomonas aeruginosa

5/Conduite méthodologique d’un ECB des urines :
5.1. L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) :
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’examen bactériologique le plus fréquemment demandé en pratique médicale. Il est fiable et d’interprétation facile. C’est le seul élément de certitude de l’infection de tractus urinaire en appréciant la réaction inflammatoire et en isolant la bactérie responsable. La vessie et l’urine sont des milieux normalement stériles alors que les premiers centimètres de l’urètre sont contaminés par les flores physiologiques de voisinage [Vaubourdolle, 2007].
Les espèces bactériennes les plus souvent en cause sont celles de la flore colique aérobie. En pratique ambulatoire, Escherichiacoli domine, suivi ensuite par Proteus, Klebsiella, Staphylococcus saprophyticus chez la femme jeune, entérocoques. En milieu hospitalier, et notamment chez les porteurs de sonde vésicale, on retrouve en plus des espèces multirésistantes telles qu’Enterobacter et Pseudomonas aeruginosa [Vaubourdolle, 2007].
L’ECBU comprend un examen microscopique afin de déterminer le nombre de leucocytes et d’hématies, la présence de cellules, de cylindres et de bactéries. Une mise en culture est réalisée pour isoler et énumérer l’espèce bactérienne, l’identifier et réaliser un antibiogramme [Vaubourdolle, 2007]
5.1.1. Prélèvement :
Le prélèvement est effectué au laboratoire, le matin, après restriction hydrique la veille.
Après désinfection soigneuse de la région génitale avec un antiseptique, le patient élimine le premier jet, puis recueille quelques millilitres d’urine dans un flacon stérile.
Chez le nourrisson, le prélèvement se fait à l’aide d’une poche plastique collée sur la peau.
Les urines doivent arriver au laboratoire en moins de 2 heures, ou être stockées à 4°C [Labescat, 2008].
• Précautions avant le prélèvement :
Prélever si possible les urines du matin ou ayant séjourné au moins 3 heures dans la vessie. Le préleveur ou patient :
-Réalise un lavage hygiénique des mains ou une désinfection en l’absence de lavabo avec une
Solution Hydro Alcoolique (SHA).
-Effectue ou fait réaliser par le patient la toilette du méat urinaire avec un savon doux puis rince à l’eau du robinet. [Labescat, 2008]









Echantillon
Transport
Conservation
Commentaires



Urine ≤ 2 heures
température
ambiante
≤ 24 heures 4°C La qualité du prélèvement est
essentielle ; le recueil et le transport
doivent être effectués selon des règles
précises pour éviter la contamination et
la multiplication bactérienne
≤ 24 heures
temperature
ambiante


5.2.1 Examen avec les bandelettes urinaires (BU) :
Des bandelettes urinaires réactives permettant le dépistage rapide des infections urinaires ont été mises au point depuis de nombreuses années.
L’intérêt essentiel du dépistage par cette méthode réside dans :
• Sa faisabilité à domicile, en cabinet de ville au lit de patient.
• Sa valeur prédictive négative (VPN) élevée, supérieure à 95%pour la cystite simple.
 But de bandelette urinaire :
Les bandelettes urinaires permettent d’éviter un nombre important d’examen cytobactériologie des urines avec un bon niveau de sécurité.
Les bandelettes urinaires réactives permettent la recherche de leucocytes et de nitrites dans les urines.
Couleur et aspect des urines : des urines troubles, persistant après adjonction de quelques gouttes d’acide type acide acétique, témoignent d’une pyurie (l’acide élimine un aspect trouble dû à une grande quantité de phosphates) [Chartier, 2002]
L’examen à la bandelette : Elle fait souvent partie du bilan d’entrée en service de maladies infectieuse. 90% d’entre elles évitent un examen cytobactériologique des urines.
Elle permet de noter des résultats concernant la protéinurie, le pH et la présence d’hématies [Mauris et al., 2002].
Principedelaméthode Seuildedétection
Leucocytes Mise en évidence de l’activité des estérases granulocytaires. 10leucocytes/ µl

Nitrites Mise en évidence des nitrites donc indirectement des germes nitrites positifs (Entérobactéries).
0,3mg/l(7µmol/l)

pH Mise en évidence du pH par la présence de 2 indicateurs : le rouge de méthyle et le bleu de bromothymol.
5,0

Protéines Mise en évidence de l’albumine grâce au virage d’un indicateur de pH.
60mg/l(albumine)
Glucose Mise en évidence du glucose par la méthode glucose- oxydase/peroxydase. 0,4g/l(2,2mmol/l)
Corpscétoniques Mise en évidence des corps cétoniques par le principe de la réaction de Légal (détection de l’acide acétylacétique). 0,05g/l(0,5mmol/l)
Urobilinogène Mise en évidence de l’urobilinogène grâce à un sel de diazonium stable qui forme un dérivé azoïque rouge. 4mg/l(7µmol/l)
Bilirubine Mise en évidence d’un sel de diazonium avec la bilirubine. 84mg/l(14µmol/l)
Sang(2échelles,une pourérythrocytes,une pourhémoglobine) Mise en évidence de l’hémoglobine et de la myoglobine par l’oxydation de l’indicateur par l’hydroperoxyde organique. érythrocytes >5 érythrocytes /µl
Hémoglobine >10 érythrocytes/µl
Erythrocytes lysées
Myoglobine.



5.3.1 Cytologie :
C’est une analyse anatomopathologique des cellules contenues dans les urines Leucocytes : présence de plus de 104/ml de leucocytes ou plus de 10/mm3. Noter l’éventuelle altération des cellules. Autres cellules : toujours regarder la présence ou l’absence de
- cellules rénales
- cylindres (hyalins, hématiques, leucocytaires, granuleux)
- cellules épithéliales (ex cellules vaginales)
- cristaux : urate, phosphate ammoniac magnésien, oxalate de calcium, [Mauris et al., 2002].
5.4.1 bactériologie :
• Examen direct
 État Frais : noter la présence de bactéries et leur éventuelle mobilité. Il est difficile de s’engager plus sur un résultat uniquement sur cet examen.
 Gram : examen possible mais rarement fait en pratique courante. Sensibilité augmentée après cytocentrifugation. [Mauris et al., 2002].
• Mise en culture
Sur des milieux normaux usuels ou chromogènes (ont l’avantage de faire une identification directe des bactéries le plus souvent impliquées dans les infections urinaires).
Ensemencer une quantité fixe pour dénombrer les bactéries (UFC /ml).
Incuber 24 heures.
Identifier la ou les (les infections urinaires à 2 germes sont rares mais existent) bactéries isolées. [Mauris et al., 2002].
Faire un antibiogramme en testant des antibiotiques qui ont une bonne élimination urinaire
4.2. Examen cytobactériologique de liquide céphalorachidien :
4.1.2 Définition du LCR :
• le liquide céphalorachidien (LCR) est un liquide de composition particulière qui circule dans et autour du système nerveux. (Hervé Guénard ; 2001)

4.2.2 Types de LCR :
-LC R normal :
Un LCR normal est clair, limpide, eau de roche (vau BOURDOLLE 1992)


-LCR pathologique :
Un LCR peut être trouble avec différents degrés (dépoli, opalexent, eau de riz) en fonction de la réaction cellulaire elle-même variable en fonction du type de méningite bactérienne ou viral.
Un LCR hémorragique signe une origine traumatique au ponction, il ya présence de sang dans le premier tube et moins ou pas du tout dans les deux autres, et dans le sang coagule avec surnageant clair. Dans le cas d’une hémorragie méningée récente, le sang inocoagulable est retrouvé dans les trois tubes. De surnageant est jaunâtre dans le cas d’une hémorragie méningée ancienne le LCR xanthochromique. (Michel VAU BOURDOLLE 1992).
4.3.2 Définition de la méningite :
• La méningite infectieuse est une atteinte du système nerveux central limitée aux méninges par opposition à la méningo-encéphalite touchant le parenchyme cérébral. Les méningites infectieuses se répartissent en trois groupes : les méningites virales généralement bénignes et d’évolution spontanée favorable : les méningites fongiques, rares et le plus souvent liées à une immunodépression : et enfin les méningites bactériennes [Denis et al., 2011].
• les espèces bactériennes les plus fréquemment responsables de méningites ont en commun le fait de résister à la phagocytose. Elles atteignent l’espace souvent à la suite d’une franchissant les plexus choroïdes souvent à la suite d’une bactériémique à
point de départ naso-pharyngé. (Pierre et Astruc , 1999)

4.4.2 Mode de prélèvement :
Le diagnostic de méningite bactérienne nécessite un échantillon de LCR prélevé par ponction lombaire entre les apophyses L4 – L5 ou L5-S1, ou par un drain de dérivation .Après désinfection cutanée soigneuse du site de ponction et des mains du manipulateur par alcool iodé, LCR obtenue (1à2 ml) est répartie en trois tubes stériles
Le LCR doit être apporté le plus rapidement possible au laboratoire, en évitant tout contact avec le froid en cas d’attente, un tube est placé a 35 °C pour les cultures bactériennes, et un autre à 4°C pour l’étude de la cytologie et les recherches virales. (Pierre , Astruc , 1999)

Figure05 : Schéma d’une ponction lombaire (PL) [Vaubourdolle, 2007].

4.5.2 Examen macroscopique :
La première étape de l’analyse consiste à noter l’aspect du liquide. Le LCR normal est limpide et classiquement dit « eau de roche ». Différents aspects pathologiques peuvent être observés : « eau de riz » (ou trouble : à partir d’environ 200 éléments/mm3), xanthochromique, hémorragique, l’aspect xanthochromique du LCR après centrifugation peut témoigner d’une hémorragie méningée ancienne. Un LCR ictérique se rencontre en cas de leptospirose, et d’ictère nucléaire néonatal [Vaubourdolle, 2007].
4.6.2 Examen microscopique :
La numérotation en cellule de Malassez permet d’évaluer le nombre d’élément nucléé et d’hématies par mm3. En dehors de la période néonatale, le LCR montrant une cellularité comprise entre 3 et 5 éléments/mm3. En fonction de l’âge et au-delà de 10 éléments/mm3, la formule leucocytaire est établie après centrifugation et coloration au May Grunwald Giemsa.
La coloration de Gram, élément essentiel du diagnostic, permet la mise en évidence des bactéries dans le LCR.
En cas de PL hémorragique non coagulée, une dilution dans du sérum physiologique permet de calculer le rapport hématies/leucocytes : s’il est >1000, il reflète le rapport sanguin, alors que s’il est <1000, il peut témoigner d’un processus [Vaubourdolle, 2007].



4.7.2 Examen bactériologique :
 Examen microscopique standard :
 Coloration de Gram :
La coloration de Gram est une technique qui permet de classifier les bactéries responsables de maladies afin de déterminer leur résistance et leur sensibilité aux antibiotiques [Vaubourdolle, 2007].
 Antibiogramme :
Si le nombre des bactéries est important, un antibiogramme est réalisé directement à partir du LCR afin de rendre plus rapidement le résultat de la sensibilité aux antibiotiques.
Les antibiotiques à tester sont choisis en fonction de leur bonne diffusion dans le LCR (passage de la barrière hémato-encéphalique) et de leur activité sur les bactéries responsables de méningites (amoxicilline, cefotaxime, ceftriaxone, chloramphénicol, pefioxacine, cotrimoxazole...). On testera aussi la sensibilité des antibiotiques utilisables par voie intrarachidienne (aminosides) et en prophylaxie (rifampicine, spiramycine...) [Vaubourdolle ; 2007].
4.3.Coproculture et parasitologie des selles :
4.1.3 Définition :
La coproculture est la culture bactériologique des selles. Permet de rechercher et d'identifier des germes pathologiques qui sont normalement absents : salmonelles, Shigelles, Campylobacter, certains Escherichia coli, Ces germes peuvent être responsables de diarrhées et d'infections digestives [Dr Françoise ; 2012. ]
4.2.3 Les indications :
• Indications majeures :
Toute dysenterie ou toute diarrhée, sanglante ou non, même pour un européenn'ayant jamais voyagé doit inciter à pratiquer un examen parasitologique des selles. Toute colopathie ou toute douleur abdominale doit imposer la même prescription surtout si l'on a la notion d'un séjour en pays à hygiène incertaine ou la connaissance d'une hyperéosinophilie sanguine
[Jcmmali,1993. ]



• Indications recommandées :
Des syndromes plus discrets voire des entérites ou colopathies dont le diagnostic est déjà posé peuvent bénéficier d'une recherche de parasites digestifs. Des flagellés digestifs peuvent, en effet, aggraver une rectocolite hémorragique vraie. [Jcmmali,1993. ]


Tableau 05 : Principaux parasites pathogènes pouvant être trouvés dans les selles.

Parasites
Formes
Entamoeba histolytica (amibiase) Kystes, trophozoïtes
Giardia intestinalis (giardiase) Kystes, trophozoïtes

Cryptosporidium (cryptosporidiose) Oocystes
Isospora belli (isosporose) Oocystes




Helminthes avec entre parenthèses les affections correspondantes

Parasites
Formes
Fasciola hepatica (douve hépatobiliaire ou intestinale) Oeufs
Clonorchis sinensis (douve de Chine) OEufs

Schistosoma mansoni (bilharziose) OEufs

Ténias (téniasis) OEufs, anneaux






4.3.3 Principe de la coproculture :
Mise en culture de fragments de selles sur des milieux spéciaux, afin d’isoler les éventuels germes pathogènes. Cet examen est à effectuer, si possible, lors des épisodes diarrhéiques. Il est souhaitable de faire cet examen à distance de tout traitement, avec un régime sans résidu (fruits, légumes) la veille du recueil (anonyme 4 ; 2001).
4.4.3 Prélèvement
Condition de prélèvement :
Conditions particulières pour la parasitologie: les 3 jours précédant l'examen, exclure si possible : médicaments radio-opaques per os, médicaments contenant du charbon ou des sels de bismuth, huiles et gelées.
Laxatives, suppositoires. Eviter les aliments suivants : légumes verts ou secs, tomates, pêches, abricots, fraises, figues, poires, oseille (anonyme 4 ; 2001).









Echantillon Transport
Commentaires
Selles
≤ 1 heure
température
ambiante ≤ 24 heures 4°C Si hospitalisation ≥ 3 jours la
coproculture standard n’a pas
d’utilité ; seule une recherche
de Clostridium difficile doit
être effectuée
Ecouvillonnage
Rectal ≤ 2 heures
température
ambiante ≤24 heures
température
ambiante ou
4°C Non recommandé sauf parfois
en pédiatrie
Non recommandé pour détecter
la présence de C. difficile










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1. Matériel :

Les déférents échantillons biologiques analysés durant le stage sont présentés dans le tableau suivant :

Les échantillons



ECB DES URINES
Coproculture et parasitologie des selles

ECB des LCR

Femme

6(02-52ans) :
1/ 15 ans
2/ 20 ans
3/ 2ans
4/ 40 ans
5/ 42 ans
6/ 52 ans 1(40ans)

/


Homme

4(10-50ans) :
1/10 ans
2/ 16 ans
3/ 35 ans
4/ 50 ans

/

/


Enfant
7(1.-4ans) :
1/ 1ans
2/ 3ans
3/ 3.5 ans
4/ 4 ans
4(09mois-10ans) :
1/ 9mois
2/ 1 ans
3/ 7 ans
4/ 10 ans 3 (09 mois)
Tableau 8 : Les déférents échantillons analysés.






Matériel utilisé :
Le total des matériels utilisés pour la réalisation des différents examens biologiques déjà cités sont regroupés dans le tableau suivant :
Tableau 9: Matériel utilisé dans les analyses bactériologiques. (Voir l’annexe).


Matériel biologique Matériel de manipulation Matériel personnel

• Echantillons des urines






• Echantillons des selles


• Echantillons de L.C.R
• • Les bandelettes réactives (pour la chimie des urines) ;
• Un Bec Bunsen ;
• Pipettes pasteur ;
• Micropipettes ;
• Un bain marie, Incubateur ;
• Réfrigérateur ;
• Centrifugeuse ;
• Microscope optique ;
• Lame et lamelle ;
• Cellule Nageotte (cytologie du L.C.R) ;
• Tubes à essai stérile + portoir ;
• Eau physiologie stérile ;
• Ecouvillon stérile :
• Milieux de culture ;

• Blouse propre ;



• Gants à usage unique ;



• Masques ;




• Désinfectant.

2.Examen cytobactériologique des urines :
L’étude cytobactériologique des urines est le test le plus fréquemment fait dans le rayon de microbiologie. Il comporte trois parties :
 Chimie des urines.
 Uroculture.
 Cytologie
Dans le premier jour de l’arrivée de l’échantillon, on fait la chimie des urines qui consiste à utiliser la bandelette urinaire pour mettre en évidence la présence de :
• Albumine.
• Glucose.
• Corps cétoniques.
• Sang.
• pH.
• Bilirubine.
• Nitrite.
La bandelette est trempée dans l’urine et après quelque temps, on fait la lecture en comparant les couleurs de la bandelette avec les références trouvées dans la boite, et on interprète les résultats comme ils montré dans la boite.


la deuxième partie est la cytologie. On prépare l’échantillon pour l’étude microscopique par la centrifugation de urines (3000 tours pendant 3 minutes ou 5000 tours pendant 5 minutes ), et élimination de surnageant. Le culot obtenu est observé sous microscope. On cherche la présence des cristaux, cylindres, cellules épithéliales, leucocytes et hématies.

Dans le même jour, on fait une uroculture ; L’échantillon urinaire est ensemencé sur trois milieux sélectifs : milieu de Chapman pour Staphylococcus aureus, milieu d’Hektoen pour la croissance des bactéries à Gram négatif, et milieu gélose au sang pour les bactéries à Gram positif. Les boites sont incubées à 37 °C pendant 24 heures

Après 24 heures d’incubation, les boites sont observées pour voir la présence des colonies. S’il y a des colonies, les bactéries seront identifiées en utilisant des tests biochimiques classiques et un antibiogramme et parallèlement préparé.
Les tests biochimiques généralement utilisés sont :
 TSI (milieu qui permet de détecter la dégradation des sucres et la production de gaz et H2S).
 Citrate de Simmons (Ce test étudie l’utilisation de citrate comme seule source de carbone).
 Mannitol mobilité (Permet de mettre en évidence la dégradation de mannitol et de voir si la bactérie est mobile ou non).
 Urée / indole (permet de mettre en évidence la présence de l’enzyme uréase,
 tryptophanase et tryptophane désaminase).

2.Examen cytologique de liquide céphalorachidien
1.2Examen macroscopique
Le LCR est normalement qualifié ( d’eau de roche ) , c’est –à-dire qu’il est incolore , mais il peut être purulent en cas de méningite bactérienne ou rouge/rosé en cas d’hémorragie intracrânienne .
2.2 Examen microscopique
• Cytologie
C’est une méthode quantitative consiste à dénombrer à l’aide d’une cellule Nageotte les éléments cellulaires , ou le LCR normale contient moins de 02 éléments cellulaires par millimètres cubes ( inferieur de 5 éléments ) , sauf chez le nouveau-né 10 à 30 éléments/mm³.


• Méthode d’analyse
A partir de la solution du LCR réaliser une dilution ( volume à volume : 200µL du réactif Lazarus ) en utilisant le diluant Lazarus ( diluant utilisé pour le dénombrement des leucocytes dans le LCR est dans le sang )
3.Copro-parasitologie des selles :
Dans le premier jour, on fait l’enrichissement de l’échantillon en milieu sélénite acide de sodium (SFB). L’incubation est faite pendant 24 heures à 37 °C.
Dans le deuxième jour, le bouillon SFB positif (présence d’un trouble) est ensemencé sur le milieu Hektoen. (Incubation pendant 24 heures à 37 °C).
Dans le troisième jour, on fait l’identification des bactéries obtenues.
1.3 Observation microscopique
Sur une lame, on met un petit fragment de l’échantillon et on lui ajoute du lugol, puis on passe à l’observation microscopique à (x 400) pour la recherche des œufs parasitaires.










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A/ Resultats :
1/Bactériologie :
Résultats de l’examen cytobactériologique
D’après les 25 analyses faites durant le stage, on a choisi 09 échantillons.
1/ECB des urines
Résultats : on prend les 04 échantillons
Examen macroscopique et microscopique
Les urines sont normalement limpides, stériles et de couleur jaune clair. Cet aspect habituel peut varier en fonction de différentes circonstances. Ne contient ni des hématies ni leucocytes.

Examen macroscopique Examen microscopique
Aspect macroscopique des urines Chimies des urines Leucocytes Hématies Cristaux Cellules épithéliales Levures
E 1 : homme Jaune claire
Sang++
pH=06
+
++
++
++ /
E2 : femme Jaune foncé Protéine (trace)
PH=07

++

/

+

+ /
E3 : homme Jaune foncé Ras
Ph=06 / /
+++ ++ /

E4 : femme
Jaune claire Ras
Ph=06
/
/
+++
++
/

Examen macroscopique (Aspect des cultures)
Selon l’aspect macroscopique des colonies (tableau), l’uroculture a révélé la présence d’Escherichia coli dans l’échantillon E2 et Staphylococcus sp dans l’échantillon E3. L’uroculture d’E 1 et E4 était Stérile.
Aspect macroscopique des cultures

E1 Homme) Culture stérile
E2 Femme) Grosses colonies, souvent muqueuses et grisâtres. Escherichia coli
E3 Homme) Petites colonies grisâtres se forme de chainettes irréguliers, avec au sans une zone de lyse (hémolyse). Staphylococcus sp.
E4 Femme) Culture stérile
Tableau 11 : Aspect macroscopique des cultures d’ECBU


Examen biochimique :
Les colonies obtenues sur milieu Hektoen sont identifiées par les tests biochimiques. Les résultats de ces tests montrent que la bactérie recherchée utilise le glucose, le lactose (TSI positif) et le mannitol ainsi que la production de l’indole et l’inaptitude à utiliser le citrate comme seule source de carbone.
Interprétation de résultats :
Les résultats des tests d’identification ont montré que la bactérie recherchée est E. coli. Cette bactérie dans la plupart du temps à l'origine d'infections urinaires (cystites). Celles-ci touchent surtout les femmes en raison de leur anatomie. En effet, chez la femme, l'anus se trouve à proximité des voies urinaires, qui sont donc facilement colonisables par les bactéries
Tableau 12 : Les résultats de l’examen bactériologique (examen biochimique) de bactérie trouvé dans les urines d’éch2.

Tests TSI Mannitol Citrate de Simmons Indole Urease
Résultats Glu (+)
Lac et/ou sacch (+)
Gaz (+)
H2S (-) (+) (-) (+) (-)























Figure 10 : Les résultats de l’examen bactériologique (examen biochimique) de bactérie trouvé dans les urines d’éch2

Figure 11: Aspect macroscopique des cultures d’ECBU d’ech3



2/Coproculture des selles :
Résultats : on prend les 03 échantillons
Examen macroscopique et microscopique
Tableau 13 : Résultats d’examen macroscopique et microscopique (coproculture).
Examen macroscopique
Examen microscopique

Aspect des selles Leucocytes Hématies Parasites Cellules épithéliales
C1(E) Jaunâtre semi solide
_ _
_
_

C2(E) Jaunâtre liquide granuleux _ _ _ _
C3(H) Noir solide _ _ _ _

Examen macroscopique (Aspect des cultures)
L’Héctoen est un milieu qui contient des inhibiteurs des Gram positifs et spécifique des entérobactéries donc notre souche est un Gram négatif et d’après d’aspect macroscopique des colonies on déduit que c’est E. coli.

Figure14 : Aspect macroscopique des cultures des selles


Tableau 14 : Aspect des cultures des selles.
Aspect macroscopique des cultures
C1, C2, C3 Colonie arrondi de taille moyenne bombé de couleur jaune saumon, selon l’aspect macroscopique il s’agit E coli.




4/ECB du liquide céphalo-rachidien :
Résultats : on prend les deux échantillons.
Examen macroscopique de LCR
• Pour les deux patient le LCR est claire (eau de r
Examen microscopique de LCR
Cytologie
Observation microscopique à l’objectif x40
• L1 : présence d’un seul leucocyte.
• L2 : présence d’un trois leucocyte.



















B/ Discussion
I. BACTERIOLOGIE
1/ Examen cytobactériologique des urines
Examen macroscopique et microscopique
Aspect macroscopique
Dans le cas l’urine est de couleur jaune, plus ou moins foncée. Elle peut prendre différentes couleurs :
• Une urine normale est claire avec reflet jaune paille mais des modifications physicochimiques peuvent apparaitre dans le cas : d’une polyurie (urine diluée) un aspect jaune très clair, d’oligurie (urine concentrée) un jaune foncé ombré, de sueurs abondantes et dans les états fébriles.
• Al ‘état pathologique : elle peut se présente en : jaune orangé en cas de maladies fébriles aigues, brun foncé dans les méthémoglobines et après prise de certains médicaments à base de phénol ou bien de couleur rouge indiquant la présence de sang ou d’hémoglobine (DJELOUAT,1990).

Chimie des urines
• Le pH urinaire varie normalement entre 4.5 et 8, avec une tendance à être plutôt acides aux alentours de 5.5 à 6.5 en raison de l’activité métabolique physiologique de l’organisme.
• Normalement, on ne doit pas détecter de protéines dans l’urine, bien que le rein à l’état physiologique en secrète une quantité infime.
Examen microscopique (Cytologie)
• A l’état normal, l’urine est très pauvre en éléments cellulaires, environ 103 hématies et moins de 104 leucocytes par millilitre.
• A l’état pathologique on pourra y rencontrer

• Des leucocytes : ils sont constamment rencontrés en grand nombre (plus de 104 par millilitre) au cours des infections urinaires. En effet dans ce type d’infection la multiplication bactérienne s’accompagne d’une mise en œuvre des défenses immunitaires, d’où une réaction cellulaire qui, dans son aspect le plus intense, se traduit par une leucocyturie très importante.
• Les Hématies : leurs présences en petit nombre, environ 102 par millilitre, est physiologique. Selon son intensité, l’hématurie peut être microscopique (seulement observée à l’aide du microscope) ou macroscopique (apparaitre dès l’émission d’urinaire)(FERRON , 1984).
• Les cristaux : ils ne sont pas pathologiques quand ils sont constitués de substances normalement présentes dans l’urine (acide oxalique, acide urique ou urate, sels de calcium). Seuls les cristaux de phosphate ammoniaco-magnésien ont un intérêt dans le diagnostic d’une infection urinaire car ils sont en faveur d’une infection par une bactérie uréasique (DARBAS et al., 2007).
• Les cellules épithéliales : proviennent de l’épithélium exréto-urinaire ou rénal (DJELOUAT, 1990).

Les bactéries usuelle
La pathologie urinaire est dominée par les entérobactéries (bacilles à Gram négatif du tube digestif) particulièrement Escherichia coli que l’infection soit communautaire ou hospitalière. Parmi les cocci à Gram positif, on retrouve surtout Staphylococcus saprophyticus (HART, 1997).

• E. coli : C’est un hôte normale de l’intestin, touche surtout les femmes en raison de leur anatomie. En effet chez la femme, l’anus se trouve à proximité des voies urinaires, qui sont facilement colonisable par les bactéries.
• Staphylococcus sp : L’apparition des Staphylococcus sp dans la culture est peut être due à une infection nosocomial puisque les individus (l’enfant 1an et le vieux de 75ans) dont on a pris les échantillons analysés étaient hospitalisés.



2/ Examen cytobactériologique des selles
Coproculture
• Chez Adulte ou enfant de plus de deux ans : la réalisation d’une coproculture standard comprenant la recherche de Salmonella spp, de Shigella spp.
• Chez un enfant de moins de deux ans : réalisation d’une coproculture standard avec recherche supplémentaire des E. coli entéropathogènes en sachant que l’étiologie virale prédomine dans cette tranche d’âge (AVRIL., 1998).

• La présence d’E. Coli chez un enfant de moins de 2ans est considérée comme pathogène mais dans le cas d’un adulte même en grande quantité elle est considérée comme un germe de la flore intestinal (retrouver dans la matière fécale dans les cas normaux).

3/Examen cytobactériologique du liquide céphalo-rachidien
Examen macroscopique et microscopique de LCR
• LCR normal est clair et incolore (eau de roche) contient inferieur des 5 éléments/mm3 sauf chez le nouveau-né 10 à 30 éléments/mm3.
• LCR trouble (eau de riz) : il peut être légèrement trouble ou blanc-grisâtre, ce qui révèle la présence de pus.
• LCR contenant de sang : le LCR est trouble et rose ou rougeâtre
 Soit parce que qu’un vaisseau sanguin a été atteint au moment de la ponction.
 Soit à cause d’une hémorragie suarachnoïdienne (KUBAB et al., 2011)










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Conclusion

Le stage qu’on a fait pendant 15 jours dans le laboratoire médical de l’hôpital
«CHALABI ABDELKADER» nous a permis d’avoir une idée sur les différentes infections
bactériennes. On a vu la gravité de ces infections d’où est l’importance de la bonne
réalisation des analyses, pour obtenir des résultats fiables.
Ce stage a été une première expérience professionnelle très enrichissante sur tous les plans, d’un point de vue l’approfondissement des connaissances acquises académiquement d’autre part découvrir le monde professionnel. On a donc eu le loisir d’apprendre les étapes parcourues pour la réalisation de diverses analyses médicales.
Ce stage est pour nous l’occasion de mettre en pratique les connaissances et les réflexions menées à l’occasion de notre parcours d’études.
Au niveau du laboratoire de microbiologie les connaissances sont indispensables aux étudiant en formation technique supérieure ou de compléter la formation de techniciens en microbiologie d’analyses de routine (isolement, identification classique).
Mais au cours de notre formation dans le laboratoire de l’hôpital de TIGHANIF les méthodes générales de travail ne sont pas respectées : le technicien résume les tests d’identification pour obtenir les résultats rapidement et compte sur l’identification macroscopique et les tests biochimiques en bactériologie, et l’antibiogramme ne sont guère pratiqués.










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Thumbs up بالتوفيق

الله يبارك ربي ينجحك ان شاء الله ,...ويعطيك لي تتمنى راني ان شاء الله راح نقرا كيمياء حيوية مي راح يفيدوني .... ميرسي تعيش










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شكرا على المجهود القيم جزاك الله خيرا










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merci je re bah nesgmah ki ykoun 3andi le tepm










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