من بين اهم الاشكاليات الملاحظة على التسيير المالي والمادي بالمؤسسات التربوية مايلي
-ضعف الاطلاع على القوانين المسيرة للقطاع
-العلاقات غير المنسجمة بين مؤطري المؤسسة خاصة المديرين والمقتصدين
-خلل في ترشيد المناصب المالية بالمصالح الاقتصادية مقارنة بحجم ونظام المؤسسة
-اشكالية الالحاق المالي حيث تعاني الكثير من المؤسسات والكثير من المسيرين الماليين
-حاجة المسيرين الماليين الجدد بالخصوص الى دورات تكوينية متجددة
-عدم تحيين وفرز كتب المطالعة بما يتماشى مع التغييرات المتتابعة للبرامج والمقررات الدراسة
- عدم تفعيل وادراج تكنولوجيات الاعلام والاتصال
-عدم الانفتاح على الكفاءات المهنية والاكاديمية للاستفادة من خبراتها