نظام لينكس مثله مثل نظام وينداوز و ماك توجد به ثغرات أمنية يمكن استغلالها بواسطة برامج خبيثة و هذا يعني أنه عرضة للفيروسات مثل الوينداوز لكن بشكل أقل.
لكن في الواقع هناك عدد قليل جدا من القيروسات مقارنة بنظام وينداوز و هذا لعدة أسباب منها:
كل مستخدمي نظام لينكس ليس لديهم الصلاحيات اﻻدارية root أو administrateur و ليس لديهم الحق في تغيير ملفات النظام و عليه صعب على أي فيروس أصابة ملفات الجهاز.
في نظام لينكس تكون مجبر على ذكر اذا كان الملف تنفيدي أو ﻻ - يعني اذا كان ملف بالشكل djelfa.jpg.exe فلينكس سيتعرف عليه على أنه ملف تنفيدي و ليس صورة.
اعدادات لينكس عامة أكثر أمانا من اعدادات وينداوز فمثلا خدمات الشبكة نجد القليل منها مفتوحة و أحيانا مغلقة مثل ما هو الحال على اﻷبنتوا.
الثغرات اﻷمنية في لينكس تصحح بسرعة (ميكروسوفت لزمها العديد من اﻷشهر لتصحيح هذه الثغرات و منها ما تم تصحيحه تحت التهديد (failles dénoncées par eEye Security )
بما أن نظام لينكس مفتوح المصدر هذا ما جعل اﻻطلاع على الكود سورس من طرف الجميع و العديد من خبراء اﻷمن المعلوماتي الذين يتفحصون الكود المصدري بدقة عكس الوينداوز (مغلق) و هذا يجعله عرضة للثغرات اﻷمنية.
مستعملي لينكس يحملون غالبية البرامج من مستودعات و هذه البرامج تكون مراقبة و يتم فحصها عكس مستعملي وينداوز الذين يحملون البرامج من العديد من الواقع و للتأكد من انها مواقع سليمة فهذا أمر صعب..
أخيرا هناك العديد من توزيعات لينكس و كل واحدة مختلفة قليلا و هذا ما يصعب على الفيروسات العمل .
من خلال كل هذا يمكننا القول أن لينكس أقل عرصة للفيروسات و هذا ﻻ يعني انه لا يصاب بها، رغم وجدود فيروسات متعددة المنصات إﻻ أن الضرر الذي تلحقه بنظام لينكس تقريبا منعدم ﻷن المستعمل البسيط ﻻ يمكنه تعديل ملفات النظام.